对于年度中间离职、再入职且实际工作不足12个月的个人所得税计算涉及单位应如何预扣预缴个人所得税和年度终了如何汇算清缴两个层面。

一、年度中间预扣预缴

《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）（以下简称“61号公告”）第六条规定：“累计预扣预缴应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除”。

（一）累计收入

根据61号公告第六条的规定，扣缴义务人在一个纳税年度内预扣预缴税款时，以纳税人在本单位截至当前月份工资、薪金所得累计收入减除累计免税收入、累计减除费用、累计专项扣除、累计专项附加扣除和累计依法确定的其他扣除后的余额为累计预扣预缴应纳税所得额。

假设中国籍男子申某2019年1月1日至3月30日在甲公司工作，离职休息一个月后，5月2日在乙公司重新入职，甲、乙公司均应以孙某在本单位实际工作期间取得的收入（均不包括4月份）计算累计收入。

（二）基本减除费用

根据61号公告第六条的规定，累计减除费用按照5000元/月乘以纳税人当年截至本月在本单位的任职受雇月份数计算。体现了基本减除费用与累计收入的匹配，甲、乙公司应分别按照申某在本公司的实际工作时间计算累计减除费用。

（三）专项扣除

专项扣除是居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的“三险一金”，因甲、乙公司未在4月份向申某支付报酬，应不会对申某4月份的所得预扣预缴个人所得税，也不存在减除专项扣除问题。

（四）专项附加扣除

根据《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）第五条规定：“纳税人年度中间更换工作单位的，在原单位任职、受雇期间已享受的专项附加扣除金额，不得在新任职、受雇单位扣除。原扣缴义务人应当自纳税人离职不再发放工资薪金所得的当月起，停止为其办理专项附加扣除”。

第八条规定：“更换工作单位的纳税人，需要由新任职、受雇扣缴义务人办理专项附加扣除的，应当在入职的当月，填写并向扣缴义务人报送《扣除信息表》”。

所以对于申某的情况，甲、乙公司也只能按照其在本单位中任职受雇的时间减除专项附加扣除。

二、年度终了汇算清缴

根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称“个人所得税法”）第六条的规定：“居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额”。

（一）年度收入

纳税人的年度收入为实际取得的收入。

（二）基本减除费用

依据个人所得税法规定，“基本减除费用”固定为6万元，属于普适规定，不随任职时间变化。

（三）专项扣除

为实际缴纳的“三险一金”。

（四）专项附加扣除

专项附加扣除的发生不会因为短暂的失业而停止，案例中虽然甲、乙公司在预扣预缴个人所得税时未减除4月份的专项扣除和专项附加扣除，但孙某仍然可以在汇算清缴时减除实际缴纳的专项扣除和符合条件的专项附加扣除。

三、个人在更换单位后的操作

个人在更换单位后需在个人所得税App修改任职受雇信息，修改步骤：打开登录个税App，点击个人中心-任职受雇信息-点击申诉-填写申诉原因提交即可；需要注意的是单位报送的是不可以修改的,只有纳税人自己添加的才可以进行修改。